1937年春，薛光军经同班同学、校“民先”（民族解放先锋队）负责人徐根、胡欣然的介绍，加入了民先组织。
1938年1月奔赴延安参加革命，3月加入中国共产党。
从1938年上半年到1945年初，先后任中央组织部地方科干事、中央党务研究室助理研究员和军委总政治部秘书科副科长。
1945年，抗日战争结束后，薛光军开始担任地方党政领导职务。
1945年底，他先被分配到辽宁省沈阳市北关区任区委书记，11月又调到辽西省法库县任县委副书记。
1946年10月，与其他同志一起途经辽东地区和北满回到辽西省委。
1948年初，薛光军患病，省委将他调离奈曼旗，回白城子休息治病。病愈后就被调到双辽县任县委书记。同年，薛光军因工作成绩突出，被地委评为模范县委书记。
1948年11月底，沈阳解放。
从1948年底到1959年的10年中，薛光军先后在沈阳市委任办公室主任、副秘书长、商业工作部副部长、工业工作部部长等职。
1950年当选为沈阳市委委员。
1952年2月至同年12月调任高岗的秘书。
1953年到1954年底，先后担任过东北局的副秘书长、财经工作部副部长。
1954年底大区撤销，薛光军调中央工作，先后在东北地区工作部、中央书记处工业办公室、中央工业工作部工作。
1959年10月后，反右运动开始，薛光军因坚持原则，敢说真话，而遭政治迫害。
1960年1月，被戴上右倾机会主义分子的帽子，撤销了中央工业工作部部委职务，下放到青海省。先后任西宁钢铁厂副厂长，青海省委精简办公室副主任。
1962年春，中央下了平反通知，恢复了薛光军原来的职级。
1962年4月，薛光军调任中共中央中南局副科长，后任秘书长。在协调机关各部、委日常工作的同时，着力抓了政策研究工作。
打倒“四人帮”后，薛光军重新走上了领导岗位。
1973年后历任广东省革委会农林水办公室副主任、党委副书记，省工交政治部党委书记、主任，省革委会副主任，中共广东省第四届委员会委员、常委兼省委农村工作部部长，广东省农委副主任，广东省第五届人大常委会副主任，广东省副省长，广东省农委党组书记等职务。
1982年当选为中国共产党第十二次全国代表大会代表。
1983年3月11日，薛光军因病于广州逝世，享年66岁。
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