1944年11月，冀鲁豫军区成立第三办事处，于子元调任办事处主任。该办事处成立时仅有三四个干部，其主要任务是在不同性质的地方武装中进行统战工作。
在鲁西南地区，国民党定陶县县长王子杰，号称有“几千支枪”，是一个不可低估的武装力量。为了分化、打击敌人，军区决定做王子杰的争取工作。为此于子元利用各种关系，对王子杰部施加影响，不久，与王子杰部建立了人员往来关系。对他方来员，有专人负责，予以热情接待，走时赠送些礼物，借机宣传党的方针政策，无论官兵均表示欢迎。从此王部人员往来频繁，一次比一次职务高，来时热情欢迎，走时派骑兵护送。后来，王子杰提出要谈判解决边界问题，订立互不侵犯的有关协议，按照王子杰指定的时间和地点，于子元率20余名骑兵与王通过谈判，划出了边界，制订了协议。与此同时，大造各种声势，故意宣传：王子杰大请客了，划分边界了……边沿村庄都写满了欢迎王子杰的大幅标语。临走时还送给王子杰一些猪肉、粉条、蔬菜等，敲锣打鼓放鞭炮。这样大肆张扬，让日军与汉奸都知道，王子杰部已与八路军建立了友好关系，对敌伪军起到了分化、打击作用，对根据地的安定起到了一定作用。
1945年12月，军区第三办事处与鲁西南办事处合并。仍沿用鲁西南办事处的名义，仍由于子元任主任。办事处合并后，增派了一批得力干部，加强了敌工工作。主要任务是在开封一带开展党的地下工作和国民党军队中从事军运工作。当时有个主要争取对象是兰封的张效雨，于子元有时派人去，有时亲自去，直接与张效雨谈话，进行宣传教育，后来建立了统战关系。张效雨给南北过往的党政干部、部队以方便，并给及时提供军事情报。这样使考城马逢乐的活动受到限制，为消灭马部提供了有利条件。
中共开封地下党组织关系比较多。三、四、五分区分别在开封建立了地下党组织。1948年4月，上级决定派于子元去开封，对其进行整顿，使其统一在中共开封工委领导下进行工作。开封是国民党的河南省府驻地，城内军警林立，戒备森严。特别鲁西南被打垮的土顽头子，大部分都躲到城内，建起了“安乐窝”。于子元做了多年的敌军工作，大部分人都直接与他打过交道，到开封城是非常危险的。为了革命利益，不顾个人安危，愉快地接受了任务。他到开封后，找到了东源酒店经理、工委副书记李冠卿，并以表兄弟身份，住在李家。他通过李冠卿在几天之内与其他地下党组织接上了关系，及时传达了上级党委关于统一整顿中共开封地下党组织的安排意见，逐步理清了上下纵横关系，统一在工委领导之下，形成了一股劲，提高了战斗力，为开封地下党组织的建设做出了贡献。
1948年1月，于子元调离了鲁西南，参加了中共河北整党工作，后赴华北局学习深造。1949年7月调到华北革命大学任教导处组织科、干部科科长。1950年调任中央党校任办公室主任等职。1969年调到山东行政干校任副校长。1972年因病逝世。
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