任职鲁南
1940年12月，吕志先从中共山东分局训练班培训结束后，被安排到中共鲁南区党委工作，先后担任区党委社会部、组织部、宣传部副部长。
抗战时期的鲁南地区，是指1940年成立的中共鲁南区党委所领导的地区。它南起陇海铁路，北至滋临公路（其中有段时间还包括公路北蒙山之南地区），东临沂沭河，西靠微山湖。鲁南区东西长约150余公里，南北长约200余公里，面积3万多平方公里，人口约400余万。鲁南多山，山势险峻，地形复杂，抱犊崮、天宝两大山脉南北相连，封建地主势力强大，对农民剥削残酷，人民生活十分艰难。
鲁南地处陇海、津浦铁路交接点的徐州东北，历来为兵家必争之地。在抗日战争时期，是日军华北派遣军和华中派遣军的联结点；是国民党山东省政府和军队与其大后方联系的主要通道。同时，也是华中新四军与华北八路军的一个结合部，也是华中和山东与陕北党中央的联络枢纽。它在抗日战争期间具有十分重要的战略地位。
鲁南人民具有光荣的革命传统和顽强的战斗精神。历史上曾多次揭竿而起，反抗统治者的压迫和外来的侵略者。抗日战争前，中国共产党就在鲁南一带从事革命活动，播下了革命的火种，在广大农村和枣庄矿区领导工农进行革命斗争，积蓄了不小的革命力量。到1937年7月抗日战争全面爆发前夕，鲁南地区的党组织虽然在国民党政府军、警、特的残酷镇压下，经过多年的艰苦卓绝、复杂激烈的斗争，仍然顽强地坚持革命活动。例如，当时有中共河南省委领导的由郭子化任特委书记的苏鲁豫皖边区特委及其下属的临沂中心县委、沛县县委、枣庄矿区党委、萧铜工委、丰县、铜山、邳县、临城、永城、滕县等地区委、特委和支部。又如，中共山东省委领导下的费县工委，曲阜、兖州、邹县、泗水等县的党组织。这正是全面抗日战争爆发后，我党领导下的鲁南地区人民抗日运动迅速蓬勃发展起来的重要基础。
全面的抗日战争爆发后，鲁南人民在中国共产党领导下，积极开展抗日游击战争。在八路军主力115师支援下，逐渐创建了敌后鲁南抗日根据地。
1937年7月底，日军相继占领平、津，然后分兵四路向华北进犯，其中，一路沿津浦线进犯山东，国民党山东省主席韩复榘率部不战而逃，12月27日济南被日军占领。虽然在1938年4月，取得了台儿庄战役的重大胜利，但国民党执行片面抗战、消极抗战的错误路线，到1938年5月，滕县、临沂、徐州相继沦陷。鲁南地区的津浦、陇海铁路，滋临、临枣公路沿线，均为日伪军所占领。
日军占领徐州后，继续向南、向西进攻。国民党留在鲁南敌后的专员、县长和封建地主武装，除一部分投降了日军，组织伪军、伪政权外，其余的也相继打起抗日旗帜，成立抗日保安部队等各种名目的抗日游击队。国民党中央政府又重派沈鸿烈入鲁，为山东省主席，还派西北军石友三部，东北军51军、57军先后进入鲁南和鲁中地区，支持当地封建地主武装，限制和破坏中国共产党领导的抗日武装活动。
鲁南各地的共产党组织，在中共山东省委和苏鲁豫皖边区特委领导下，从秘密走向公开，响应党中央关于发动全民族全面抗日战争，开展独立自主的游击战争的号召，从各方面运用各种方式积极进行抗日活动，组织各种抗日武装，领导鲁南人民奋起抗战。当时，主要有如下几种方式组织抗日力量：一是各地党组织直接发动武装起义，建立八路军游击队；二是各地党组织通过开展统一战线，把原有的区、乡和开明绅士控制的地方武装，改造为抗日队伍；三是从上海、济南等地国民党监狱里释放的中共党员、进步人士，回到家乡组建抗日武装；四是以北平流亡学生中的党员、民先队员，从国民党部队中撤出的共产党员，以及党中央从红军抽来的军政干部，到鲁南开展抗日活动，建立抗日部队。通过这些方式，经过一年多的积极工作，鲁南各县的党组织有了很大发展，各种抗日的群众团体也纷纷成立，部分县还成立了半政权性质的动委会、办事处。1938年7月，中共中央决定苏鲁豫皖特委划归山东省委领导，以后陆续建立了鲁南特委和尼山特委。这些，都为创立鲁南敌后抗日根据地奠定了基础。
1939年9月，八路军115师代师长陈光、政委罗荣桓率师部和主力一部进入鲁南，推动和领导鲁南各级党组织贯彻党中央扩大的六届六中全会决议精神，明确提出进一步独立自主地开展敌后抗日游击战争，在鲁南创建以抱犊崮和天宝山为中心的抗日根据地。
1940年4月，中共鲁南区党委宣告成立，赵镈任区党委书记，下设一、三两个地委和一部分直属县委。这样，鲁南地区的党进一步实现了统一领导，党的组织有了更大的发展。
6月，召开了鲁南人民代表会议，成立了鲁南参议会。通过选举，建立了鲁南专员公署，所属各地先后成立了3个行署办事处，进一步使鲁南抗日民主政权实现了统一领导。专员公署还先后发布了征收公粮的合理负担政策，征收工商税收政策，建立工商管理机构，以保证根据地抗日人民和军政人员进行抗日的各种物资需要。
为了加强对地方抗日武装的领导，成立了鲁南军区和三个军分区，并成立独立团、营的直属部队，各县、区均成立大队和中队，地方武装大大地扩大了，并在根据地内普遍建立了民兵组织。
随着鲁南地区党政军各组织的建立和健全，鲁南地区人民群众抗日救亡运动更加蓬勃开展，各级群众团体均普遍建立起来。到1940年，鲁南全区的职工抗日救国会、农民抗日救国会、青年抗日救国会、妇女抗日救国会的领导机关均先后成立，并联合成立了各界联合救国会。经过艰苦、复杂和残酷斗争建立起来的鲁南抗日根据地，得到进一步的巩固和发展。
1940年11月，中共山东分局派吕志先任鲁南区党委社会部副部长。1941年初社会部撤消，吕志先改任组织部副部长。1941年8月底，张雨帆来担任组织部部长，吕志先又改任宣传部副部长。
艰苦抗战
鲁南地区抗日根据地建立较晚，在建立时已是日军回师巩固其占领区的时候。从1940年冬至1943年春，日伪军疯狂地向鲁南各地抗日军民进行“扫荡”、“蚕食”、分割、封锁，并多次进行“治安强化运动”，在铁路、公路两侧修筑封锁沟、墙，不断在根据地增设据点和碉堡。同时，也运用军事进攻和政治诱降政策等迫使国民党顽固部队投降，改编为伪军，企图消灭鲁南抗日的八路军和抗日的武装力量，巩固其占领区。
1941年10月，日军在去年同期“扫荡”郯城、邳县根据地，占领我郯城、码头、重坊等城镇，设立据点的基础上，又集中万余人的兵力，对我沂河地区中心根据地反复“扫荡”，并在中心地区庄坞、层山、涌泉等村镇设立多处据点。接着，日伪军4000余人“扫荡”我运河南北地区的运河支队。同年12月，日军3000余人分9路合击费南天宝山区，山东纵队l旅3团4连3排，坚守费南县苏家崮，毙敌200多人，该排除8名战士突围外均壮烈牺牲。1942年4月，日伪军在与其勾结的国民党梁仲亭、王化云等部配合下，进攻我驻在邳县铁佛寺等地的沂河地区的抗日地方部队。我军突围撤至滨海地区，临郯地区抗日根据地一度为日伪军控制。同年4月，日伪军奔袭我峄县支队，支队长孙伯龙等30余位同志英勇牺牲。同时，日军3000余人包围微山岛，我军百余人壮烈牺牲。日伪军还加紧对我运河黄丘套山区加紧“蚕食”。至此，临枣公路以南、枣庄以西，运河以东的平原地区的几块根据地均沦为游击区。据1942年底不完全统计，日军在鲁南设立据点440处，比上年增加177处，平均每12个村庄有一处日伪军据点。1943年1月，日伪军万余人对鲁南山区进行大“扫荡”。接着，在白彦、埠阳、九女山、白山等村镇安设了据点，使鲁南山区被分割为几个小块，抗日根据地的面积大大缩小。
在抗日战争的相持阶段，国民党实行消极抗日、积极反共的方针，其主力部队和地方土顽势力，在日伪军向抗日根据地“扫荡”、“清剿”时，趁火打劫，配合日伪军多次向鲁南山区根据地疯狂进攻和袭击，使根据地军民遭受重大损失。
1941年4月25日，国民党57军334旅、51军683团及地方顽军王洪九、李以锦、李子瀛等部一度占领鲁南边联县全部地区，残害中共边联县委宣传部长杨彬等干部、群众70多人，劫去民兵武器数百支。5月8日，国民党51军683团和土顽李以锦部6000多人，突袭驻南马口的费南县机关和六区区中队，残杀县委宣传部长张志让等50余人。1941年5月，国民党申宪武、周侗等顽军联合向津浦路西的湖东县党政机关和部队进攻，迫使该县委撤退到邹县城东。同年7月25日，国民党土顽王洪九部配合57军334旅两个营攻击驻车辋、东白山我军区机关，制造了“七•二五”事件。
1941年10月25日下午，鲁南区党委书记赵镈、组织部长张雨帆、宣传部副部长吕志先等率机关、党校和警卫连（仅有3个班）转移到边联县银厂村（现属苍山县）。盘踞在九女山附近的国民党第51军683团团长张本枝，纠集1000余人于10月27日晨3时突然袭击银厂村，警卫连发现后开枪抵抗，机关人员向东南突围，7人牺牲，10余人被捕。赵镈突围至院南街时，发现机密文件还在驻地，于是只身返回，将文件销毁，不幸被捕。敌人对赵镈严刑拷打，一无所获。30日夜间，坚贞不屈、遍体鳞伤的赵镈，被顽军活埋于九女山下。
“十•二七”惨案发生后，山东分局决定任命张雨帆为区党委书记。区党委机关也转移到费南县和鲁南军区一起活动。
1943年春，鲁南地区国民党顽军约有1.6万人，日伪军约有3万多人，而八路军主力和地方武装还不到4000人。根据地的村庄缩小到约500个，人口也降到12万人。但鲁南地区各级领导、军队和人民群众在区党委的坚强领导下，顽强地坚持游击战争，游击区不断扩大，干部和部队的战斗素质显著提高，对敌斗争的经验更加丰富，战斗力也更为坚强了。
1943年4月，山东分局和山东军区派王麓水到鲁南军区任政治委员，同时兼任鲁南区党委副书记。不久，区党委机关和军区机关合并，王麓水改任为区党委书记兼军区政委，张雨帆为区党委副书记兼军区副政委，进一步实行精兵简政，充实基层。住在鲁南的原山东纵队l旅3团和115师教导2旅5团，均划归军区建制，以实现统一领导和指挥。地委、专署，县委、县政府的部、局、科长，下放到区里担任领导。各级党政机关和群众团体的干部均配备武器，在开展工作的同时，随时准备参加战斗。
根据对敌斗争形势的需要，时任区党委宣传部副部长的吕志先，来到区党委所在的中心县边联县（曾为纪念赵镈英勇牺牲一度改为赵镈县），任县委书记兼县大队政委。
在抗日战争的相持阶段，鲁南抗日军民遭受日伪军和国民党顽固派部队的频繁进攻和两面夹击，处境十分艰难。但区党委和鲁南军区坚决贯彻党中央关于“积蓄力量，加强团结，坚持斗争”的指示精神，采取灵活的战略战术，进行英勇顽强的斗争，渡过了抗战最艰苦的阶段，为战略反攻打下了基础。
1943年下半年，鲁南地区和其他抗日根据地一样，对日伪顽军开始局部反攻。8月，鲁南军区调集部队反击国民党92军142师对费南县根据地的进犯，将其大部歼灭，并乘胜追击地方顽军，恢复了原滕峄边根据地。11月，鲁南军区集中主力，发起讨伐伪10军3师的战役，击毙敌首刘桂棠等200多人，生俘千余人，同时击溃伪军李以锦的增援，解放了由费县城至梁邱间的地区。
1944年，鲁南军区继续扩大战果。5月，发动对伪10军的大讨伐，歼灭其第2师，击毙师长刘国祯以下200多人，俘500余人，全部解放崮口山区。6月，在邳北攻克日伪军据点l 8处之后，大部地区从游击区变为根据地。秋季，先后攻克和迫退日伪军设在费南、邹东的重要据点，使鲁南、鲁中两战略区连成一片。据不完全统计，这一时期，鲁南地区收复失地约2万平方公里，摧毁伪区、乡组织360多个，解放敌占区人口140万人。鲁南军区发展到1.2万人，日伪军减至2万多人，国民党顽军减至7000多人。
随着解放区的不断扩大，鲁南区党委组织全区各级党组织深入整风，提高党的素质；逐步建立新的党政机构，注重在对敌斗争、减租减息、开展生产的群众运动中发展新党员，培养新干部。到1944年底，鲁南区下辖3个地委和专员公署，13个县委和县政府，92个区委和区公所，1460个党支部，计有1.76万名共产党员。抗战相持阶段，吕志先带领边联县的干部群众，在鲁南区党委的统一领导下，深入开展减租减息、反奸诉苦的群众运动。经过8个月的努力，广泛发动群众，打击封建势力，有力促进了生产和参军活动的开展。注意掌握政策，减轻群众负担，争取粮食和工业品自给，努力改善根据地人民的生活。
1944年11月，鲁南区党委调吕志先到山东分局党校学习。
从1945年开始，鲁南抗日军民继续扩大反攻战果。2月，攻克泗水城，毙伪10军长荣子恒等200余人，俘1500多人。3月，在郯邳地区围歼勾结日伪军的张里元部，全歼其第16纵队共2000多人。5月，攻克邳县城及其周围地区，歼伪军480余人。6月，在滨海军区4团配合下，歼伪匪梁仲亭部500余人，攻克码头镇。7月，发动临费边战役，全歼日军一个小队和伪军500多人，全部控制临费公路。8月，在滕县城西地区发起讨伐勾结日伪的申宪武部的战役，歼3300余人。至8月日本宣布投降时，在鲁南地区的日伪军只龟缩在津浦、陇海铁路沿线和峄县城和枣庄、临沂等几个县城内。鲁南的抗日战争取得了伟大的胜利。
攻占敌区
1945年8月8日，苏联对日宣战，8月15日，日本宣布无条件投降。9月9日，毛泽东主席发表了《对日寇的最后一战》的声明。接着，朱德总司令发出进军命令，各解放区的八路军、新四军立即进行大反攻。此时，因山东各区党委均急需干部，山东分局决定，正在分局党校学习的学员立即结束学习，返回各单位。吕志先也回到鲁南区党委，担任区党委秘书主任。
为贯彻执行毛主席的指示和朱总司令的命令，山东分局和山东军区于8月11日召开高级干部会议，连夜讨论了大反攻的任务。山东军区即向日军最高指挥官发出限期投降的通牒，8月14日山东军区所属部队分别向各地的日伪军、伪政权发出通牒，限24小时之内率部队投降，拒不投降者，坚决消灭。
与此同时，蒋介石也发布命令，要共产党军队不得向日伪军擅自行为，并要日伪军负责维持治安。山东的日伪军依照蒋介石的命令，拒绝投降，纷纷向铁路沿线和大中城市收缩集中。山东军区决定，集中部队约27万人，分成五路大军向山东境内的日伪军全面进攻。
鲁南军区部队，按山东军区命令，将所属部队组建成第8师和警备第8旅、第9旅，由王麓水任8师师长兼政委。
第8师和鲁南军区其他部队组成第五路大军，由前线指挥张光中、政委王麓水率领，从8月15日开始，先攻西集，后占马庄、刘庄，歼灭日伪军一部。18日，越过临枣铁路。21日，进至运河以南的杜安，并一度攻入贾汪。9月11日，配合山东军区主力攻克临沂城。11月3日发起界河战役，歼伪军吴化文部3000人，俘其军长于怀安。12月14日攻克滕县城，歼伪保安师7000余人。在此次战斗中有重要贡献的王麓水英勇牺牲。从日本宣布投降起至1946年1月，鲁南地区军民经过英勇战斗，除徐州市和兖州市周围的小块地方以外，其他被日伪军占领的地区全部获得解放。
1945年10月25日，中共中央决定，华中局和山东分局合并组成华东局，饶漱石任书记，陈毅、黎玉任副书记，统一领导华中和山东的工作。鲁南区党委依照华东局指示也进行了调整，傅秋涛任书记，张雨帆任副书记，魏思文任组织部长，李其华任宣传部长，王少庸任城工部长，吕志先任秘书主任。李乐平任鲁南行政公署主任，鲁南军区由张光中任司令员，傅秋涛任政委。
到1945年底，鲁南解放区己扩大到东至沂河、西至微山湖、北至蒙山前、南至陇海铁路的广大地区。设有三个地委和专员公署。一地委辖费县、曲阜、邹县、滋阳、双山（麓水）县；二地委辖滕县、临城、凫山县；三地委辖邳县、峄县、铜山、边联（赵镈）、苍山县。解放区和游击区占全区总面积的90.5%；人口为3534700人，占总人口的87.1%。
1946年1月10日，中国共产党代表和国民党政府代表签署了停战协定。协定规定，双方军队就各自位置上停止军事冲突。为执行停战命令，组成了由国民党、共产党和美国三方代表参加的北平军事协调处执行部，军调执行部在鲁南地区设立了徐州、兖州、枣庄等三个执行小组。在此期间，山东分局调吕志先去济南市委（在市郊活动）协助做国民党12军军长霍守义（原东北军57军112师师长）的争取工作，不到半月又调到军调执行部泰安市执行小组担任执行副代表，工作近两个月，执行小组撤销后，于1946年4月回鲁南区党委，仍任秘书主任。
吕志先在鲁南区党委秘书主任期间，主要是协助区党委正副书记工作，认真执行党中央开展反奸诉苦和减租减息群众运动的决定，选派干部分赴新解放区开展工作，在较短的时间内就掀起了以反奸诉苦为中心的群众运动，摧垮了敌伪政权，严惩了罪恶累累的汉奸、恶霸，打击了封建势力。普遍建立了党的组织、基层政权、群众组织和民兵武装，巩固了新解放区。
自卫反击
在美帝国主义的支持下，国民党撕毁了政协决议和停战协定，于1946年6月发动了全面内战。
1946年7月，国民党集中25个半旅的兵力，分路向苏北、鲁南解放区进攻。同时集中31个旅的军队经苏中、淮南、淮北进攻淮阴。并以27个旅的部队，在胶济铁路和鲁南台枣地区进行牵制，企图侵占苏皖解放区，然后在山东与我军决战。华东局和山东军区按照中央和军委指示，向各军区和野战军各纵队下达了命令：山东野战军在对付济南、青岛国民党军队的同时，集中主要兵力迎击当面之敌。
中共中央于1946年5月4日发出《关于清算、减租及土地问题的指示》（即“五四指示”）。其中心内容是将党在抗日战争时期实行的减租减息政策改为没收地主土地分配给农民的政策。要求各级党委必须明确解决解放区农民的土地问题，是我党目前工作的最基本的一环，这样使广大农民进一步同我党站在一起，反对国民党反动派的进攻。
鲁南区党委于7月1日作出决定，指出鲁南是自卫战争的重要战场，除必须完成土地改革外，还必须担负起支援前线的紧急任务。并确定接近战场的地区应以支援前线为主，同时，抽调党委和群众团体部分人员进行土地改革工作。在距离战场较远的新解放区以土改工作为第一中心任务，并在土改过程中，组织相当力量完成支援前线工作。吕志先带领秘书处，把区党委的决定精神迅速传达下去，协调督促各地坚决贯彻执行。
1946年12月，国民党军队再次从台枣线向临沂进犯。1947年1月2日我军发起鲁南战役，集中27个团的兵力对来犯的国民党整编26师及第一快速纵队发起攻击。至1月16日鲁南战役结束，共歼灭敌军两个整编师，一个快速纵队，共5万3千人。缴获坦克20余辆，各种火炮200余门，汽车470辆。此战沉重打击了国民党军队的嚣张气焰，振奋了解放区军民的斗争精神。
1947年1月23日，中共中央决定，华中军区与山东军区，华中野战军与山东野战军合并，所属各部队统一整编，组建华东军区和华东野战军。华东军区由陈毅任司令员，饶漱石任政委，张云逸任副司令员，黎玉任副政委，下辖胶东、渤海、鲁中、鲁南、苏中、苏北军区、滨海军分区和“两广”纵队，共30余万人。华东野战军由陈毅任司令员兼政委，粟裕任副司令员，谭震林任副政委。下辖第1、2、3、4、6、7、8、9、10、11、12纵队和一个特种兵纵队，共27万人。1月25日，鲁南区党委决定，鲁南地区的中心任务是支援前线，保证部队供给，粉碎国民党军队对鲁南的进攻。鲁南军区建立支援前线司令部，由军区司令员张光中兼任支前司令员，行署主任李乐平兼政委。地、县、区各级党委均抽出二分之一的委员，专职到前线做支前工作。国民党从发动全国内战以来，已先后被我军歼灭71万余人。战线太长，兵力不足，迫使其不得不改为集中兵力重点进攻陕北和山东。1947年2月初，国民党撤销了徐州、郑州绥靖公署，成立了陆军总部徐州指挥部，由陆军总司令顾祝同统一指挥24个整编师，60个旅约45万人，组成3个机动兵团对山东实行重点进攻。1947年2月下旬开始行动，先后侵占临沂、费县、邹县、城前、枣庄、梁邱、白彦等地。
鲁南地区被国民党军队侵占后，区党委遵照华东局的指示，在领导干部和精干武装留下坚持斗争的同时，组织党政机关中的老弱妇幼、部分村干部、民兵和干部职工家属共两万多人，有计划、有步骤地向黄河以北渤海区转移。1947年5月3日成立鲁南后方司令部，王献廷任司令员，李其华任政委，下辖8个大队，1个独立支队。那时，吕志先负责带领区党委和军区主要领导的夫人，以及一个警卫连组成一个大队，随后方司令部一起北撤。行至胶济铁路潍坊市北，接到前方军区司令部来电，要吕志先所带大队南返回沂河东边的滨海区临沭县。
1947年5月开始，国民党集中40多个团，会同临沂、郯城、费县、峄县、邳县等地的保安武装共10万余人，对在鲁南坚持斗争的鲁南区党委和地、县党政机关进行“扫荡”、“清剿”，鲁南区党委和军区采取灵活机动的战略战术与敌军周旋。5月上旬，国民党军队向抱犊崮山区合击，鲁南区党政军机关、部队，以及赵镈（边联）、邳县、苍山、枣庄、峄县、费县、邹县、滕县、平邑、泗水等县（区）的县、区干部、民兵共5万余人被围困在云涧峪一带。7日晚，张光中司令员和傅秋涛副司令员率领部队跳出包围圈，经车辋、长新桥、卞庄到达芦柞一带，又遭敌人三路围攻，我军英勇阻击，大部军民向涌泉一带转移。在转移途中天气突变，狂风暴雨夹着冰雹倾泻而下，给行进的队伍带来了极大困难，军队和地方干部混合在一起，相互搀扶着在泥水遍地的田野中前进。一路上因冻饿劳累而死者达百余人。到9日凌晨3点，鲁南区的突围人员顺利穿过临郯公路到达滨海区。不久，吕志先带的大队也到滨海区和区党委机关会合。
在滨海地区休整期间，区党委和军区即选派．武工队返回鲁南坚持游击战争。6月中旬，张劲夫、宋献章率第一批党、政、军机关人员和军区部队强渡沂、沭河转入抱犊崮山区。下旬，张光中、傅秋涛、魏思文率第二批人员横渡沂、沭河到达涌泉，不久也转入抱犊崮山区。至7月底，鲁南区突围人员己基本返回鲁南。鲁南区的党、政、军机关建立了稳定的根据地后，吕志先带领的北撤人员也返回到鲁南。
战略进攻
1947年7月，中共中央和中央军委决定解放军转入战略进攻，华东野战军分东西两线兵团，担负起内外线作战任务。西线兵团战斗在冀鲁豫，东线兵团战斗在津浦铁路以东。1947年10月，解放军总部发布《中国人民解放军宣言》，提出“打倒蒋介石，解放全中国”，中国人民解放军在全国范围内转入进攻。
华东野战军遵照中共中央军委指示，于1947年7月1日作出分兵出击的决定，l、4纵队从鲁中向鲁南挺进；3、8、10纵队向泰安、大汶口方向挺进；2、6、7、9纵队和特种兵纵队集结于沂水、悦庄公路两侧，待机歼灭东犯之敌。1、4纵队于2日到达鲁南地区，5日围攻费县城，7日攻克费县城，歼敌5200多人。9日l纵队南下，先后收复枣庄、峄县、兰陵、卞庄等地。18日4纵南下，协同l纵再攻滕县，迫使深入鲁中山区之敌9个整编师有7个回撤。我军经过艰苦转战，已达到调动敌人，以利我军挺进大别山转入大反攻的战略目的。
华东野战军于1947年8月上旬做出决定：以陈毅、粟裕指挥的华东野战军西线兵团，在豫、皖、苏边境开展攻势。以许世友、谭震林指挥的东线兵团，担负内线作战任务，收复失地，扩大山东解放区。
随着野战军主力部队暂时转移，鲁南地区仍处在艰苦斗争时期。鲁南区党委和军区认为，坚持鲁南阵地，广泛开展游击战争已成为当务之急，要运用各种形式，开展公开和秘密的斗争，自力更生地改变鲁南的艰苦环境。根本措施是“敌进我进”，以军分区为单位划片联防，各片由地委和军分区负责同志领导，成立党政军民一元化的指挥部，并配备一、二个基干营，集中力量摧毁国民党的区、乡政权和“还乡团”武装。区以下的乡、村要配备两套班子，一套是公开班子，主要任务是开展对敌斗争，一套是隐蔽班子，表面是应付敌人，实际上是我们的基层政权。抽调一批干部组成支前大队随同鲁南地区主力部队活动。要坚决执行土地改革政策，解决农民的切身利益，调动群众参加游击战争的积极性。各级干部要以自己的鲜血和生命为人民建立功勋，与鲁南阵地共存亡。
在区党委和军区领导下，鲁南地区游击战争广泛展开。3军分区17团与临沂、郯城、邳县武工队紧密配合，从1947年7月到11月，攻占敌据点30余处，毙伤俘还乡团400余人，还广泛开展了政治攻势，许多乡镇的还乡团反正投降，解放了临、郯、邳三县的大部分地区。鲁南军区特务团配合2军分区对滕县东的桑村、善垌地区的国民党军队和还乡团发起进攻，歼灭380余人，解放滕县以东大片地区。
吕志先从滨海区回到鲁南以后，华东局批准任命他为鲁南区党委秘书长，兼管秘书处工作。这段时间主要是协助区党委正副书记开展下列主要工作：一、补充兵员，扩大部队数量；二、进行土改复查；三、停止土改，全力开展生产救灾；四、支援前线工作。
担负内线作战的东线兵团，在发动春季攻势，取得潍县战役胜利之后，又于1948年5月发起津浦铁路中段战役。5月30收复泰安、大汶口，6月11日收复曲阜，6月15日收复邹县，7月2日收复滕县，7月12日全歼兖州守敌2万8千余人，还歼灭济南来援之敌1万余人，7月14日收复济宁市。在这次战役中，共歼国民党军6.3万人，收复县（市）城12座，控制津浦铁路200余公里，使山东和晋冀鲁豫两大解放区连成一片，也使济南之敌完全孤立。
1948年7月1日，华东局决定将直属的鲁中、鲁南区党委（政府、军区），滨海地委（政府、军分区），冀鲁边区一地委（政府、军分区），济宁市委（政府、警备区）合并成立中共鲁中南区党委、鲁中南行署，鲁中南军区。康生任书记，傅秋涛任第一副书记，高克亭任第二副书记，傅秋涛任鲁中南军区司令员兼第一副政委，康生任政委，张光中任第一副司令员，钱钧任第二副司令员，高克亭任第二副政委，李乐平任鲁中南行署主任，张劲夫任第一副主任，程照轩任第二副主任。
济宁市从冀鲁豫边区划归鲁中南区时，尚未派市委书记，鲁中南区党委决定由韩去非任市委书记，吕志先任市委副书记，原市长李明实仍任市长。吕志先于1948年8月到达济宁市后，与李明实一起把市委、市政府机关逐步配备起来，开展工作。韩去非和任市警备区司令员的封振武于10月到达济宁市。11月，鲁中南区支前司令部要求济宁市派一位主要负责人担任支前工作，市委确定由吕志先担任。
1948年11月6日，华东、中原野战军在纵横700里的战线上发起了淮海战役。11月8日张克侠、何其沣率国民党军第33军，整编59师和整编77师在韩庄、台儿庄、贾汪一带起义。11月22日我军全歼国民党军黄百韬兵团。11月末国民党军杜聿明集团自动逃离徐州市，12月1日我军解放徐州。12月2日，华东军区宣布成立徐州特别市军事管制委员会，任命傅秋涛、方毅、袁也烈、周林、冯平、华诚一等为委员，傅秋涛为主任，冯平为副主任，12月9日中共徐州特别市市委、市政府成立，周林任市委书记兼市长，华诚一任副书记，吕志先任市委委员、副市长。徐州市成立后，即划归山东省直接领导。吕志先接到任职通知后即于1949年1月到达徐州，在徐州市工作了不到二个月，又接到通知，鲁中南区党委抽调干部组织了南下干部纵队鲁中南支队，调他到5大队任政委。3月下旬，吕志先离开徐州到5大队报到。不久南下干部纵队鲁中南支队便随解放大军南下，4月间到达南京市以西的长江北岸，然后随解放军渡过长江，于5月2日进入了浙江省。
