抗日战争期间，他积极努力建立晋绥胶东地区的地下组织，为开辟平津和东北地区的情报联络工作，做出了重大贡献。日本投降不久，邹大鹏带电台从胶东渡海，首先进入东北与党中央建立了联系，受到毛泽东、周恩来的赞赏。与此同时，他在东北组织收缴敌伪武器物资，扩大发展人民武装，建立地方政权和发展党的工作方面，做了大量工作。他不畏艰险，两次深入虎穴，取得了重要情报，对我军解放东北起到了有力的配合作用。1948年长春解放后任长春特别市市长。
建国后，邹大鹏担任政务院情报总署署长、中央军委联络部部长等职务。“文革”期间，邹大鹏遭到林彪、“四人帮”的残酷迫害，于1967年4月不幸逝世。
1979年2月，党中央为邹大鹏平反昭雪，恢复名誉。1979年8月27日在北京市政协礼堂，为邹大鹏召开了追悼会，骨灰安放在北京八宝山革命公墓。
挺进东北
1945年2月，苏、美、英三国首脑举行雅尔塔高峰会议，苏联和国民党政府制定《中苏友好同盟条约》，一致达成共识：东北在苏军撤出后只能由国民党接管。根据这个协议，中国共产党和他所领导的军队不但不能对日军受降，也不能接受苏方援助，连能否进入东北都成了很大的疑问。
紧急关头，中央迅速命令正在胶东的邹大鹏组成“临时东北工作委员会”，邹任书记，吕其恩、于克、柳运光、程光烈为委员，带领一百多名情报、城工干部和一支精干的武装部队，携带电台，于1945年8月26日跨海东征，立即从烟台冲破美军海上重重封锁，强渡渤海，率先从辽东庄河县登陆，摧毁敌伪警察部队和伪政权，并与苏联红军建立了联系。站稳脚跟后，经过深入调查，向中央发电，系统、详细地报告了解放庄河县一带的经过和了解到的东北的情况。当时苏军只占领大城市和铁路沿线，其他广大地区仍由日伪掌握。汉奸、土匪猖獗，社会情况混乱，广大人民在水深火热中渴望解放。虽然雅尔塔会议限定将来东北地区由蒋介石接管，但国民党鞭长莫及，其军事、政治力量短期绝难到达，苏联红军在东北对我方的活动采取默认的态度，并给予积极的帮助。机不可失，时不再来，正是我方乘虚而入、开发东北的大好良机。这些重要的情况和建议反映到延安后，引起中央的特别重视。根据邹大鹏及其他各方面反映的东北的情况和全国的形势，经过慎重研究，中共中央制定了“向北发展，向南防御”的重要战略方针，对原先的部署进行了调整,决定抓紧千载难逢之机，以疾雷闪电之势挺进东北，要建立背靠苏联、连接蒙古的强大根据地。1945年9月15日中央决定成立以彭真为书记的中共中央东北局。陆续派出部队30万，干部两万多，包括中央委员20人、候补中央委员10人，分头进入东北。并令林彪转赴东北统一领导东北的军事工作，成立了东北军区。在国民党主力到达之前，早已雄据东北，形成以逸待劳、请君入瓮之势，取得了完全的主动。
邹大鹏及其“东北工作委员会”是我党首先突破雅尔塔会议在东北所划“禁区”的先遣队，他的电台也是最早进入东北的电台，他反映的情况对中央这次重大战略决策的调整起了重要的、决定性的参考作用，因而受到毛泽东和周恩来的高度赞扬。
再试牛刀
1945年9月成立中共中央东北局社会部。邹大鹏任第二部长，分管情报工作，先后充实了干部，健全了机构，逐步发展了敌区情报组织，陆续取得重大成就。
东北社会部成立不久，邹大鹏便派重要情报干部田琛秘密进入长春，在敌人统治下主持和部署情报工作。他选派白山、田羽利用伪满军校时一些同学、师生关系打入驻防长春的敌军第四纵队。经过考察，又吸收了杨元甲、解德全、齐振等参加工作，潜伏在敌军城防主力第二纵队的司令部参谋处。1946年初我军决定在蒋正规军尚未到达前解放长春。邹大鹏早就布置了田琛抓紧搜集了不少敌军动向和城防情报，要他们按所掌握的资料绘制成《长春防守部署要图》，将敌防区划分、阵地布置、防守重点、火力配备等，一一标记清楚。邹大鹏因解放长春事关重大，为万无一失，以高度负责的精神，在敌区情报人员的掩护下，亲自化装潜入长春，把有关的情况和材料，就地进行了解、核对，现场视察后，将情报安全带回哈尔滨，报送东北局和军区领导。根据所提供的情报，4月14日东北解放军一举解放长春，全歼守敌两万多，缴获大量装备、武器弹药。这是我军进入东北以来取得的一次重大胜利。对蒋军打击沉重，对我军民是极大的鼓舞。“知己知彼，百战不殆”，第一次解放长春战役能速战速决，取得辉煌的战绩，主要得益于事先取得准确而详细的情报。为配合战争，邹大鹏在紧要关头，不顾个人安危，深入虎穴，冒险犯难，充分表现了一个情报工作者大无畏的气魄。这次情报工作受到表扬，邹大鹏被任命为长春特别市市长。
1947年10月，辽南形势很好，但战略要地营口尚未解放，我辽南军区部队曾强攻不下。东北社会部和大连社会部经研究决定，对该市驻军主力、敌暂编58师师长王家善进行策反，任务主要由辽南站情报站长石迪执行。第一次解放长春后，石在俘虏中物色一名政治条件较好的少校参谋廉政，经邹大鹏谈话教育派回暂编58师，因与王家善有师生关系，被任命为中校作战科长。廉政发展了几个关系，建立了情报小组，通过与王接触，施加影响，对促使王起义创造了有利的条件。王家善因受国民党的歧视和钳制，早有不满情绪。经过反复做工作，王决定弃暗投明。1948年2月23日我方派辽南军区司令吴瑞林和大连社会部副部长马次清、石迪与王部代表在大石桥进行了正式谈判，达成协议，于25日率部八千余人宣布起义，营口和平解放，逮捕了52军少将副军长郑明新、营口市市长袁鸿奎、交警纵队队长李安及警察官员38人，协助我军消灭交警纵队3000多人，对东北战局有相当的震动。
幕后决战
1947年底，中国内战进入决战阶段，并从东北开始。
大决战必须有情报工作的有力配合。邹大鹏在东北社会部所确定情报工作方针是：“长期内线，精干隐蔽，以内线为取得情报的主要手段，以配合解放战争取得军政战略情报为主要目的。”因为有正确的指导思想和明确的目标，工作发展很快。到1948年已经形成基本能控制东北全局的情报网，对蒋军在东北的几个兵团的情况和动向都很清楚，情报准确、迅速，有时敌人的布置还没有下达，我方的对应措施已经布置下去，取得了战场上完全的主动权。
锦州战役后，东北战局急转直下，沈阳的卫立煌已是惶惶不可终日。中央考虑沈阳是历史名城，工业基础好，下令必须和平解放，以减少破坏。这项重大任务主要交给了东北社会部。邹大鹏预见到沈阳工作的重要性，早就把一个担任策反任务的重要内线情报人员王凤起派到沈阳。王是辽宁人，黄埔军校毕业，少将军衔，有正义感，陈诚任东北行辕主任时，他任行辕高参。王的夫人富平是阎宝航和高崇民的好友，到东北后夫妇私下到哈尔滨探望高崇民，经高介绍给邹大鹏，邹亲自接待，谈话教育，面授机宜。王接受任务回沈阳后，首先发展了黄埔同学秦祥征，帮助秦通过王的朋友关系担任了蒋军新建的沈阳守备第二总队总队长，王担任了副总队长兼参谋长，牢牢掌握了这个师级建制的部队。王又争取了53师师长许庚扬。王了解到5 3军副军长赵国屏尚持犹豫观望态度，由邹大鹏派赵的世交、中学同学李述笥带着吕正操、于毅夫的亲笔信去找他，劝他伺机起义，赵也欣然同意。
邹大鹏又通过高崇民争取了高的旧友、回到东北的国民党接收人员、军统局少将设计委员、东北铁路警察局局长王化一，辽宁粮食管理局兼东北剿总粮食管理委员会副主任胡圣一，他们也很痛快地表示愿与共产党合作。王化一还通过朋友关系争取了国民党116师师长刘德裕、130师师长王里寰、东北剿总军法处执行分监部中将主任赵毅。胡圣一争取了国民党新编东北骑兵军军长王照琨。在沈阳解放前夕，王、胡成立了“和平解放沈阳委员会”，秘密召集同意与我方合作的主要将领邱立亭、赵毅、王里寰、刘德裕、许赓扬、秦祥征、张如彬(301师师长)等开会，商定大家共同为和平解放沈阳而努力，并讨论了活捉卫立煌等军事首脑的问题。准备在10月30日卫立煌召开军政首脑紧急会议时，由王凤起率部采取“武装逼宫” 的办法，迫令卫宣布守军全部起义。不料秦祥征大发“善心”，很快把扣卫的计划告诉了好朋友、沈阳市长董文琦，要他和大家一同脱离蒋帮，立功受奖。没有想到董老奸巨猾，徉装高兴，满口答应，转身就去告诉了卫立煌。卫见大祸临头，和董仓皇跑到机场，坐最后一架飞机溜之大吉。10月31日解放军兵不血刃进入了沈阳，王凤起、赵国屏、许庚扬等在邹大鹏的安排下同进城解放军接上头，命所有国民党军队放下武器，开赴指定地点待命。东北社会部在各方面配合下，终于胜利完成了党中央交给的和平解放沈阳的重大任务。
东北大决战的胜利，是决定中国命运的三大战役的开端，大大加速了蒋介石反动统治的灭亡。邹大鹏领导的东北社会部的情报工作对配合东北大决战、和平解放沈阳起了重大作用。刘亚楼对东北的情报工作一直备加赞扬。东北大决战取得胜利后，连心高气傲的林彪也不得不带着钦佩的口气，特别致电给中央社会部李克农，对东北社会部及时、有效的情报和策反工作表示了衷心的感谢。
对外情报
解放战争初期，根据当时的形势，邹大鹏预见到解放战争的胜利所需时间不会很长，对以美帝国主义为主要目标的国外情报工作必须早做考虑。向中央社会部提出有关的建议，经同意后，1946年1月派吴诚去大连建立市委社会部(又名大连情报局，后迁至天津，改为天津情报局)，派冯铉去任部长，马次青、吴诚任副部长，继而又派去柳峰、侯洛等领导骨干，并集中了一批精干的、有对外工作条件的干部，把开展国外情报工作列为该部主要任务，该部成立后，广泛物色了一批适合外派的干部和外国人，进行秘密个别培训，并抓紧利用当时大量遣侨的机会，陆续派出。并经调查研究，运用迂回曲折的办法，绕过第三国，通过各种合法、非法的多种途径，打破了美蒋海上的严密封锁，开辟了多条海上和陆地交通线，打通了对国外情报关系的交通联络，从而在重要目标国家和地区初步建成了有领导、有骨干、有深入敌人内部的情报员、有通信联络、很配套、很完整的情报组织。由于邹大鹏的政治远见和得力的组织领导，在东北亚方面的国外工作开展得最早，也取得很好的情报效果。周恩来在有关会议上，曾不只一次地肯定了他们走在了前面，要其他方向的工作也要向他们看齐。
全国解放前夕，邹大鹏调到中央，协助李克农充分利用沿海和边沿地区的有利条件，建立了各地情报机构，全面推动了国外情报工作的开展。
国外情报工作的开展，首先在抗美援朝战争中发挥了重要作用。对在朝美军的番号、驻地、部署都获得过重要情报。 1951年，因为日、美反动派对日共进行整肃，日共领袖岗野进和德田球一的人身安全处于极危险之中。中共中央承担国际主义神圣义务，决定帮助两位日共领袖经秘密途径来华，加以保护。这时中央情报机关已改成了军委联络部，中央便将这一非常重要而艰巨的任务交给了军委联络部。由于日美的严密封锁、他们又是经常抛头露面的公开活动的著名人物，使偷渡的难度非常大。但事关重大，为万无一失，经邹大鹏与天津联络局领导马次青、吴诚等同志多次精心研究、周密布置，克服许多困难，迂回曲折，经过秘密交通线各个环节的巧妙掩护和对接，终于胜利完成了这项特别重大的任务。中央军委给具体经办此事的主要领导马次青、吴诚两位局长记了大功，中央军委联络部又为负责具体工作的潘清平、石志纯等9人记了大功，中央领导同志周恩来、朱德、聂荣臻还分别写信祝贺、题词表扬。邹大鹏和地方领导专门召开庆功大会，给大家极大的鼓舞。
新中国成立后，陆续和许多国家建立了外交关系，国外情报工作有了更广泛的发展，为保卫社会主义祖国、配合国际斗争做出了许多重要贡献。但在国内战争时期便高瞻远瞩、披荆斩棘，最早着手开展国外情报工作，有所突破，获得重大成绩的领导同志是邹大鹏。但他有功不居，从来不自我表白。而且不断提醒有关同志，不要吃老本，要跟上形势继续发展，争取突破制高点，攀登最高峰。
含冤自杀
邹大鹏清高自爱，刚强正直，不肯和不正派的作风同流合污，在王明“左倾”路线时被开除党籍，“文革”中又被康生打成“大特务”。
1931年邹任共青团北满特委书记时期，王明推行的“左倾”路线，批评邹大鹏右倾，先撤职，后开除党籍。据在东北长期和他一起工作的原中纪委常务书记韩光同志证明：“邹在东北地下工作时，对立三路线和后来清算立三路线的一些作法有抵触情绪，但工作一直是积极努力的，勇敢坚决的。邹1931年清算立三路线斗争中被开除党籍，是王明‘左倾’路线执行宗派主义、残酷斗争、无情打击的结果，王明左倾路线的作法，早已被认定是错误的。邹与党失掉关系后仍然积极为党工作，先后参与邓铁梅和马占山的抗日义勇军活动，宣传党的主张，努力从事抗日斗争，做了不少革命工作。纵观他的全部工作、全部历史，应考虑恢复他的党籍，从1926年算起。”1945年5月中共中央扩大的六届七中全会通过的《关于若干历史问题的决议》也明确指出：在王明“左倾”路线时，“一切被错误地处罚了的同志，应该根据情况撤消这种处分，得到昭雪，恢复党籍。”但是这个问题一直没有得到解决。
邹大鹏在“文革”中又被康生和他的追随者打成“大特务”。康生1946年离开中央社会部，去了山东。1948 年中央任命李克农任中央社会部部长，1949年邹大鹏从东北调回中央社会部任秘书长。
康生离开中央社会部并非自愿，而且是很不甘心的。后来中央社会部几经变迁，改为中共中央调查部。“文革”期间，康担任“中央文革小组”顾问，声势显赫，极力利用职权，插手部里的事务，一再流露要重新控制这个部的强烈欲望。“文革”初期，部长孔原作为“走资派”被揪出来后，其他副部长靠边站，周总理指定邹大鹏任部业务领导组负责人。康生认为必须首先排除这个“障碍”，说他是“东北反革命叛党集团”“高老庄”(指曾任司法部长、全国政协副主席的高崇民，被诬陷为东北反革命叛党集团的领导人)的重要成员，一面开大会批斗，同时于1967年4月28日的深夜，康生亲自打电话给邹大鹏，追问他的历史问题和“反革命叛党集团”关系，长达一个多钟头，逼得邹大鹏夫妻双双自杀身亡。
邹大鹏夫妇的问题是由康生等制造的、是原中央调查部最悲惨的头号大冤案。在中央决定为“文革”中被迫害的老同志平反前，1975年8月还给他写了一个“结论”，由康生批准，保留了五条政治尾巴。
1979年2月，中共中央在政协大礼堂为被迫害致死的邹大鹏、吴溉之等五位老同志补开追悼会，由李先念主持，胡耀邦致悼词，宣布给他们平反昭雪，恢复名誉。
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