1938年5月，郭洪涛率领一批干部到山东，马千里是其中一员。到西安后，他和高克亭俩人奉命在西安办理马匹的押运事宜。郭洪涛一行先坐火车走了，约定到曹县会合。但他们到曹县后郭洪涛一行已经走了。经请示中央，他俩又返回延安。同年8月，张经武、黎玉率领的200多干部一起回到山东。马千里分配到清河区，任八路军山东纵队第3支队7团副团长（团长马晓云）。他率部赶走了盘踞在邹长北部土匪“忠义救国军”，打击了土顽杜孝先部。1939年3月2日，在战斗中腿部受重伤，他坚持指挥，将来犯敌人击退。1939年6月，他率部参加了著名的刘家井子战斗。二期整军后，他被任命为山东第6军分区司令员（政委景晓村兼）。为了创建平原根据地，1940年2月下旬，他率领第6军分区指挥机关和部分警卫部队进入博兴县北部，发布《告博兴父老书》，积极开展根据地建设。同年3月3日，日伪军500多人把马千里率领的指挥机关百余人包围在博兴县东王文村。马千里沉着指挥，击毙日伪军百余人，打出了我军的威风。
马千里积极开展统战工作，对国民党专员梁建章开展了有效的统战工作；说服蒲台县国民党保安9团团长王雪亭率部参加八路军，编为3支队蒲台独立团。
1945年8月我军解放周村。中共中央华东局任命马千里为周村特别市市长。1946年马千里调任渤海行署秘书长，协助行署主任李人凤做政权工作。1946年兼任剿匪指挥部指挥，亲率骑兵大队（400匹战马）和一个步兵连，与地方武装密切配合，开展了卓有成效的剿匪工作。到11月中旬，毙、伤、俘国民党武装匪特2200多人，缴获机枪19挺，长、短枪1200多支。到1947年3月，歼灭匪特3200多人，并将剩余匪特大部驱逐出境，稳定了社会秩序。
1947年莱芜战役后，我军俘敌军官8800多人。华东军区决定成立军官教导总队，任命马千里为总队长。不久，他争取1300多名蒋军下级军官参加了我军。
1947年10月至1948年2月，由康生及华东局个别领导人主持的渤海区土地会议，全盘否定渤海区土地改革、剿匪反特等各项工作成绩，污蔑渤海区党委犯了“富农路线”、“宗派主义”、“反特右倾”错误，撤换了大批领导干部，给渤海区的工作造成严重危害。
康生、饶漱石的错误行径引起干部群众极大不满和愤慨，受到广泛抵制，马千里就是其中突出的一个。他当面对康生提出质问：“渤海区的工作有没有成绩？区党委是执行了党中央的路线还是另搞一套？党的组织和干部是好的还是不好的？如果说渤海区违背了党中央的正确路线、工作一团糟，那么广大贫下中农怎么能分得了土地，翻了身？广大农民怎么能那样热情拥护共产党、解放军？怎么那样热爱生产、踊跃参军、积极支前？社会秩序怎么能如此稳定？华东区党政军机关和新四军北撤部队以及两淮地区、鲁中南地区的机关、学校、医院、伤病员、村干部、民兵、家属等数十万人转移到渤海区后，怎么能得到妥善的安置？”康生无言以对，置之不答。马千里又说：“有人说渤海区有个景晓村、李人凤为首的宗派集团，有60多人，骨干有36名，我马千里是第一个。还说三分区是这个集团的老窝子，博兴县牟潜修、张文韬、李震、马千里和张竹天是‘五大家族’。这全是造谣中伤。景晓村是上级派来的党委书记，我们以前并不认识，完全是正常的同志关系和工作关系，没有搞什么宗派活动，怎么说是宗派集团呢？”康生不得不解释说：“宗派集团是有组织、有理论、有目的的。我派人查了，没有发现渤海区有这样的事实。博兴‘五大家族’，我也派人去了解了，是五大干部。”马千里还问到：“渤海区境内的匪特已被歼灭，一部分匪特被驱逐出境，社会秩序已经稳定，各项工作已经正常开展，怎么说是反特右倾呢？”“季明把李人凤抓起来是什么道理？”康生对李人凤被押装不知道，只是说：“季明太幼稚了。”在渤海土地会议上的这场斗争，充分表现了马千里的高度原则性和刚直不阿、仗义执言的高贵品格。
1948年，马千里率部全面接收胶济铁路，后任华东铁路警备部队副司令员、济南铁路公安处处长。1953年任铁道部第六工程局党委书记兼局长，完成了自伊春至双河子、红山的铁路修建任务。1958年调任铁道部电气化工程局副局长。1960年任铁道部生活管理局副局长。1992年6月因病在北京逝世，享年90岁。
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