1946年6月下旬，国民党军对解放区发动了全面进攻。东北之国民党军在遭我打击后，暂无力继续向我举行大规模的进攻，故而一再延长停战协定，等待援军。这使东北出现了暂时停战的局面。我军则利用这一时段，进行整训，提高部队的军事、政治素质；进行剿匪、发动群众，创建根据地。
新站、拉法战斗后，刘兴元率领第六团留在蛟河地区担任警戒，并参加剿匪、建立政权工作。经过两个多月的军事进剿和政治攻势，取得了剿灭大股土匪的胜利。同时，师政治部组成工作团，经短期政策学习后，下乡发动群众，依靠广大穷苦农民对恶霸、地主、匪特分子进行清算斗争，使农民从斗争中提高了阶级觉悟，分得了胜利果实，认清了中国共产党、人民军队的性质，消除了疑虑。在此基础上，建立了人民政权，进一步巩固了根据地。广大翻身农民积极参军，第二师补入农民积极分子3000余人，使部队人员空前充实，并改善了装备。（《中国人民解放军高级将领传.第19卷.刘兴元》，解放军出版社2013年8月版，第235～236页）
1946年8月3日，东北民主联军第一纵队成立，万毅任司令员兼政治委员。第二师编为第一纵队第二师，移驻黑龙江省五常县。罗华生任师长，刘兴元仍任政委。
第二师开展了紧张的政治整训和军事练兵。重点集训了全师营、连、排三级干部，总结战斗经验，提高战术水平和指挥能力。部队普遍进行战术和刺杀、射击、投弹、爆破四大技术训练，取得了很大成效。
刘兴元在积极参与领导军事练兵的同时，着重抓了全师的政治整训。为了加强思想政治工作，他指示师政治部集训了党支部委员、党小组长和新党员。在集训期间，他多次亲自讲课，阐明中国共产党的性质、宗旨、三大作风及民主集中制等基本问题，并传授我军政治工作经验。（李圭、黄彬著《中将风云录.三. 革命战争年代的刘兴元》）
同年9月5日，纵队政治部发出了形势与任务教育的指示。这是部队进入东北后，较为系统的一次政治教育。刘兴元要求师、团政治机关和政工干部要结合部队思想情况，认真执行纵队政治部的指示。通过这一教育，使广大指战员认清当前形势和美蒋反动派的本质，克服和平麻痹思想，树立牢固的阶级观念和长期艰苦奋斗的思想，继承我军的光荣传统，坚定必胜信心。（《中国人民解放军高级将领传.第19卷.刘兴元》，解放军出版社2013年8月版，第236页）
9月下旬，全师开展评选“英模”活动。通过自报公议，领导批准，层层选拔的办法，分别产生了团、师的英模代表。10月，第二师在五常驻地召开群英大会，有战斗英雄、模范250余人参加。在宣布了各级各类战斗英雄、模范名单，及授予各种集体光荣称号后。刘兴元和罗华生等师的领导同志分别参加各组讨论。刘兴元到哪个小组，哪里就活跃起来，他的机智提问，灵活诱导，风趣插话，幽默比喻，常常引起满堂大笑，使讨论进行得轻松、愉快、深入。群英会结束前，刘兴元作了总结讲话，指出：会议开得成功，具有重要意义。受表扬的战斗英雄、各类模范及授予光荣称号的集体，为部队树立了学习的榜样。要求代表们“戒骄戒燥，谦虚谨慎，进一步发挥模范带头作用，激发部队的革命英雄主义精神，在今后的战斗中承担更艰巨的任务，争取更大的胜利。”刘兴元还特别强调：“全体英模代表，要积极响应东总首长的号召：第二师一定要继承和发扬红二师（注：即工农红军第二师的简称）的光荣传统，不畏艰险，敢打硬仗，攻无不克，战无不胜，成为党和人民信得过的英雄之师。”（《中国人民解放军高级将领传.第19卷.刘兴元》，解放军出版社2013年8月版，第236页）
群英会后，英模代表们回到部队认真传达贯彻会议精神，在全师掀起了学英模，比进步，刻苦练兵，争取为人民立新功的朝气蓬勃局面。第二师经过半年的整训，军政素质有了很大提高，装备也得到改善。全师指战员斗志高昂，纷纷表决心，响应纵队党委号召：1947年每个战斗员要毙俘一个敌人，缴一件武器；每个步兵连要歼敌一个连；要坚决粉碎国民党军的进攻。（李圭、黄彬著《中将风云录.三. 革命战争年代的刘兴元》）
东北的解放战争，初期打的是运动战。运动战靠的是行军。老百姓感慨的说：那兵过的呀，一会儿共产党，一会儿国民党，后来也弄不清这是谁那是谁了，也不知道谁撵上谁了。有个真实的故事，兄弟二人生活无着，商议去当兵混碗饭吃，看到解放军过队伍了，弟弟说“走吧！”哥哥说“你先去挂个号，我解个手就去。”哥哥解完手出来，找不到弟弟，心想反正弟弟在这队伍上，慢慢找呗！于是跟着队伍就走了。后来才知道，弟弟当了解放军，哥哥跟了国民党。
杜聿明的战略，始终是“先南后北”。四平保卫战期间，他首先攻占本溪，然后分兵北上，争夺四平。现在，他又故技重演，四犯临江，准备先击破南满共军，再向北满挺进。林彪则针锋相对：北满不支，南满出击，南满困难，北满出援。四保临江，三下江南，又拉又打，叫你首尾不能相顾。一首快板诗《筛豆子》，形象化地述说了这段历史：
国民党，兵力少，南北满，来回跑。
北满打了它的头，南满打了它的腰。
让它来回跑几趟，一筐豆子筛完了。
筛豆子，大家干，咱把反动派筛几遍。
南满消灭它几个师，北满消灭它几个团，
机动兵力筛完了，可筐再打歼灭战！（张正隆著，《血红雪白》，网络版）
1947年1月至3月，第二师随第一纵队参加了“三下江南”作战。自始至终担任打援任务。先后作战11次，歼灭国民党军近3000人，缴获火炮14门，轻重机枪51挺，汽车78辆等物资，锻炼了部队的战斗力，丰富了作战经验。这时，刘兴元患了较严重的哮喘病，他不顾身体虚弱，冒着严寒，坐着爬犁深入部队，了解情况，解决困难，加强全师的政治思想工作。此后，刘兴元又同罗华生带领第二师参加了6月的四平攻坚战，9月的“诉苦三查”（即诉旧社会和反动派所给予劳动人民之苦，查阶级、查工作、查斗志。）及新式整军运动和健全党委制度。（《中国人民解放军高级将领传.第19卷.刘兴元》，解放军出版社2013年8月版，第236～237页）
五、轮训“上干”，倾心备战
1947年10月任东北民主联军上干大队政委的刘兴元（前排左一）
1947年秋，人民解放战争经过一年多的战略防御，粉碎了国民党的全面进攻和重点进攻，使敌我力量发生了重大变化。在东北，我军经“三下江南”、“四保临江”的夏季攻势，歼灭了敌人大量有生力量，夺取了战场的主动权，转变了东北的战局。为了迎接我军即将举行的战略反攻，争取人民解放战争的更大胜利。同年8月，中共中央东北局为了统一军队高级干部的作战指导思想，创办了上干大队，调合江军区司令员陈伯钧任东北野战军上干大队大队长、调东北民主联军二师政委刘兴元任政治委员。10月，上干大队于“东总”（“东北民主联军总部”之简称）驻地哈尔滨附近的双城开班举办，轮训师、团两级军政干部。第一期学员300余人，分军事、政治两个队。刘兴元亲自给两个队分别讲党委工作、民主集中制等问题；还为政治队讲部队政治工作的有关问题。参加讨论，总结交流经验，提高学员的军事指挥和政治工作领导能力。经过半年轮训学习，第一期学员于1948年3月顺利毕业。刘兴元也调到新组建的东北野战军第五纵队任政治委员。（《中国人民解放军高级将领传.第19卷.刘兴元》，解放军出版社2013年8月版，第237页）
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