1939年11月，抗大一分校接到中央军委和八路军总部的命令，继续东进，深入山东敌后。阮途随同抗大一分校1000余名师生，战胜暴风雪，攀越太行山，穿过平汉铁路，进入冀鲁豫平原。1940年元旦，以130华里夜行军的速度，通过津浦铁路封锁线，进入山东沂蒙山区，于1月12日到达山东沂水县南部的孙祖、张庄、垛庄，胜利完成了这次2500余华里的东进任务。
抗大一分校到达山东后，正面临着日、伪、顽对山东抗日根据地的大规模“扫荡”和“蚕食”。敌人通过“清剿”把农村编成保甲，把村与村严格地割裂开，并在村落之间修筑碉堡，给抗日斗争造成巨大困难。
1940年5月6日，中共中央书记处发出《关于瓦解敌军工作指示》，指出：“为加强对敌军工作，必须健全军队中的敌军工作部和地方党的敌伪军工作委员会，无论如何要派出得力的同志担负此种工作。”
同年12月，阮途被调到山东纵队政治部锄奸科任科员、副科长。他带领锄奸科的同志，深入边沿地区，利用一切可以利用的机会、方式同敌人作斗争；在可能被敌人“蚕食”的区域，布置领导隐蔽斗争的骨干分子，组织应付敌人的革命两面派政权，清除破坏我隐蔽工作的汉奸、特务，教育争取动摇分子；组织群众挖掘隐蔽很深的敌人的耳目爪牙，对死心塌地的汉奸、特务实行镇压，积极指导基层武工队开展反“蚕食”斗争。由于正确处理了民族矛盾这一基本矛盾，团结了敌占区各阶层，掌握了伪军政人员，使我活动区域完全恢复了1940年以前的良好态势。在商河、惠民地区，1941年连地下党员都无法存在的恶劣情况下，阮途带领锄奸人员与地方武装相配合，瓦解了伪军营垒，使绝大多数伪政人员转向我方。并直接控制了伪自卫团，使当地党、政、民基层组织又重新得到恢复，我武装部队也公开活动，如临邑到禹城公路上所有伪军全部倒戈归顺于我。
阮途本人在组织锄奸反特斗争中，经受了艰难困苦的考验，积累了在敌占区开展工作的经验，提高了自身的思想水平和组织工作能力。
1941年，侵华日军加紧了对我华北平原和山东半岛的侵犯，派遣了数十万日军，大量地扩充伪军，对我山东地区反复“清剿”“蚕食”，企图将华北变成进犯全中国的兵站基地；建立拉网式的碉堡群，进行“铁壁合围”式的扫荡，我抗日根据地遭到严重破坏，老百姓大量被杀戮，粮食被洗劫一空。在敌后最艰苦的岁月，党中央提出“以政治攻势为主，游击战争为辅，积蓄力量，巩固根据地”的方针。
