1945年，抗日战争胜利后，中共山东分局和山东军区根据中共中央“向北发展，向南防御”的战略方针，对部队进行调整充实，为向东北地区进发，加速了准备工作。阮途在部队向东北开发之前，受山东军区之命，带领全科同志开展对日伪投诚投降人员进行收编和遣散工作。根据中共中央关于收编敌伪人员的政策方针，与投诚的伪军与战斗中俘虏的士兵分别通过审查、谈话，了解掌握他们的情况，对于由整营整连率部起义的部队在自愿的条件下，收编到我军中。对于零散投诚的官兵经过审查后，有愿意继续留在部队的编入我军中；对于要求返乡为民的士兵，由部队发给路费，办理返乡手续，遣散回乡，家在解放区的可以分得土地。由于我军瓦解敌军工作的加强，使敌伪和国民党军队反正投诚的人员大大增加。1945年9月，国民党新编第8军军长率1万余人投诚。10月，临城陶庄的国民党新编36师师长何志诚，率全师2300余人起义；诸城县保安大队1300余人反正；鲁东和平建国军1800余人投诚。山东军区接受8300多敌伪人员。阮途在山东军区敌军工作委员会负责对投诚人员的审查、教育、收编工作。经过他们艰苦的工作，把军官、老弱与可以立即补充军队的士兵分开，把教育好的与顽固分子分开，对我军补充兵源起了很大作用。这期间，山东军区就收编了4个独立旅。
这些新编部队，由于配备坚强有力的政工干部，设置了政治部，得到了根本改造，为向东北地区挺进充实了兵源。
1945年9月初，根据中央指示精神，肖华率领山东军区的司令部、政治部、保卫部和警卫部队等机关人员，先行赶往东北。阮途也随军北上。临行前他正为两个孩子没有御寒棉衣发愁。这两个孩子当时一个3岁，一个4岁，原是山东分局秘书兼作战参谋牟子芳与苏风的孩子，牟子芳在一次掩护山东分局书记黎玉时牺牲。后苏风与阮途结婚，并共同抚养烈士的这两个孩子。孩子没有御寒棉衣之事被许世友知道后，便送来两件小皮大衣，阮途一家非常高兴。
10月中旬，肖华率山东军区司政警卫等人员，从龙口上船驶过渤海湾，绕过旅顺、大连港在貔子窝登陆，经过数日的海上漂泊，部队上岸后，接着又徒步急行军向安东（现改名为丹东）进发。
部队到达安东后，接中共中央东北局指示，将山东军区番号改为东北南满军区，司令员为肖华，副司令员为曾克林，政委为莫文骅，政治部保卫部部长何侠、副部长阮途。日本投降后，国民党蒋介石集团收编了日伪残余，网罗土匪恶霸组织建立土匪武装，配合国民党的军事进攻。当时辽宁地区的武装土匪有13个系统、15个军的番号，加之地方股匪近10万人。他们破坏土地政策，颠覆民主政权，残害人民群众，活动十分猖獗。辽南地区邓国庆匪帮，联络伪满第10工兵队、鞍山第14宪兵队、高角部队、氢气球部队、警察警备队等各路土匪举行暴乱。他们编成4个团，又与岫岩、凤城、海城、辽阳、庄河等地伪兵、伪警察组成“辽南独立44团”近4000余人，并被胡宗南改编为18集团军，邓国庆被委任少将司令。他们在辽宁南部和东部地区为非作歹，占领交通要道。1945年11月，南满军区副司令员曾克林率领东北人民自治军二纵队和辽宁第16军分区的5个团兵力对其围剿。当时阮途直接参加了这场战斗，这场围剿打得非常艰苦。邓国庆带领4000余匪兵摆开决战架势与我军对抗，经3天3夜的鏖战，生擒邓匪3000余人，其中包括日本关东军700余人，缴获日产汽车40余辆、各种枪械1000余支。在围剿过程中，邓国庆见大势已去，便潜回他在鞍山市设立的特务据点，企图隐蔽下来准备东山再起。阮途率领保卫部成员在鞍山市公安局的协助下，深入虎穴，在刘氏医院活捉了邓国庆，同时摧毁了邓国庆在鞍山市美光照相馆、刘氏医院等特务活动据点。
1947年1月，中共中央东北局社会部召开东北地区各省社会部（军区保卫部）、公安处长联席会议，重点研究对反动武装土匪处理办法与制定有关政策。同年7月，阮途结合安东地区的实际情况起草了《关于肃清土匪的决定》，提出在军事上严厉打击，在政治上瓦解，彻底肃清土匪的8条政策，并以军区与安东省公安处的名义联合下发。这个决定性文件体现了镇压与宽大、打击与分化、惩治与争取相结合的政策，使打击清剿匪霸斗争步入正轨。
