（一）逆境中的坚持
1966年5月16日，中共中央五一六通知拉开了文化大革命的序幕。8月1日至12日中共中央召开八届十一中全会，毛泽东发表了《炮打司令部——我的一张大字报》，会议还通过了《关于无产阶级文化大革命的决定》，“文革”的狂风暴雨在全国铺天盖地而来，社会陷入全面混乱之中。
在江苏，“文革”序幕刚刚拉开不久，6月3日，南京就发生了“《新华日报》事件”和“扬州事件”。8月3日，省教育厅厅长吴天石、南京师范学院党委副书记李敬仪夫妇被造反派游街揪斗折磨致死。1967年1月，省体委主任王范因反对“文化大革命”而舍生取义。李士英在延安中央社会部、华东公安部时期，都曾和王范一起工作，两人关系很好。对王范的逝世，李士英十分悲痛。
江苏省各级地方党政机关忙于应付“文革”中的各种“事件”，正常工作受到很大影响，领导干部受到很大冲击。当时江苏省委的正常工作几乎处于停顿状态，此时，李士英经常代表江苏省委负责接待红卫兵和造反派，为此，他经常遭到造反派的围攻和非难。
在“文革”中李士英不顾个人安危，承担风险，尽力保护了一些遭受直接冲击的领导干部和民主人士。
时任江苏省委秘书长的韩培信回忆：“1966年10月，中央工作会议结束后，江渭清书记准备召开全省三级干部会议，传达中央工作会议精神。中央文革小组把江渭清返回南京的消息捅给了在江苏的爪牙，一万多高校红卫兵、造反派冲进省委大院内，将江渭清和彭冲团团围住，彭冲被揪走批斗，造反派提出要参加省委三级干部会议的要求，江渭清拿出毛主席亲笔写给他的一个字条，大意是要让省委开好干部会议，但造反派根本不听，把主席写的条子抢走了，江渭清被气得晕倒在地。随后被送到南京军区总医院抢救，造反派又将医院包围。江渭清经抢救脱险后，李士英和陈光根据周总理的指示，要我把江渭清同志从医院转移出来。我们便在没有引起造反派注意的医院的一个小门，将江渭清秘密转移出去。造反派在医院纠缠，迟迟不肯散去，弄得医院无法正常进行工作。当时的医院负责人责怪于我，要我对此负责。在这种情形下，李士英同志站出来说：‘如果说要对此负责的话，那应该是省委负责，首先是由我负责。’李士英同志在当时形势下，能做到敢于负责，是需要担当很大的政治风险的”。
王敬先，曾担任中央警卫局副局长，在延安时期与李士英同在中央社会部工作，因莫须有的“窃听”事件被下放到苏州地区任地委副书记。造反派要揪斗王敬先，李士英请示公安部后，与省公安厅领导研究决定，将王敬先安排到南京的一所监狱保护起来，李士英还专门去看望王敬先。但不久，江青与叶群密谋，指使南京空军的江腾蛟派人将王敬先秘密押回北京，使其被造反派批斗致死。由于李士英在江苏保护了王敬先，这自然就成了他“包庇坏人’的一条严重罪状，被造反派在大会、小会上反复揭发批斗。
红卫兵以破“四旧”为名，抄了民主人士、江苏省副省长刘国钧的家，贴大字报扬言要把刘国钧揪出来。当晚省人委的干部请示李士英，要不要对刘国钧采取保护措施？李士英肯定地回答：“他是一个爱国民主人士，应该保护。”第二天省委统战部找刘国钧谈话，示意他马上离开南京。由于李士英迅速而果断地处理，刘国钧避免了一场灾难。
1967年1月3日，南京地区的两部分造反派组织在南京的江苏饭店内发生了大规模武装械斗流血事件。陈光和李士英带领省、市有关部门领导亲临现场处理，由此遭到造反派的围攻和揪斗。
1月6日，上海的造反派王洪文等人在中央文革小组的直接策动下夺取了上海的党政大权，并很快影响到全国各地。李士英虽身处逆境，但顽强不屈，抵制“夺权”。他指示负责保管省人委及省长印信的同志：
“绝不能把印信交给他们。如果政府大印一旦散落社会，被人滥用，后果不堪设想”。有关同志根据这一指示，坚决抵制了造反派的“夺印”行动，并妥善保管了印信。时隔不久，江苏的造反派紧随“一月风暴”后尘，夺取了江苏和南京的报社、电台等要害部门的领导权。1月16日，造反派在南京召开批斗大会，把省委、省人委主要领导人江渭清、陈光、李士英等人带到会场，挂上“反革命修正主义分子”牌子，戴高帽进行批斗，会后还进行了游街示众。
1月26日，造反派宣布夺取江苏省委、省人委和南京市委、市人委的领导权，即所谓“一•二六夺权”。夺权后，李士英和省委、省人委主要领导都被关押了起来，接着就是一场连一场的批斗，还不断遭到人身侮辱和殴打。
“一•二六夺权”后，全省各级党委、政府部门全部瘫痪，造反派组织之间为争夺权力而争斗。由于两派争执不下，江苏的革命委员会迟迟成立不了，中央决定由南京军区对江苏实行军管，成立了军管会，李士英、陈光这些“走资派”交由军管部队看管。期间，李士英怀着对党和人民的高度责任感和事业心，与陈光、包厚昌等在军管会的“生产委员会”里抓江苏的工农业生产，力争最大限度地减少这场灾难造成的损失。
按照革委会成立条件，领导班子要实现“三结合”，要有老干部参加。曾有个在文革中投靠造反派的“老干部”带着造反派头头来游说李士英，要他站出来揭省委“阶级斗争盖子”，并允诺可以被“结合”到班子中，但被李士英严辞拒绝。不久中央文革的张春桥来到江苏，在一次江苏造反派召开的大会上点了李士英的名，说他是“二月逆流”的黑干将，还把“叛徒”、“死不悔改的走资派”等大帽子扣在他的头上。一时间，“打倒大叛徒李士英”的大字报在南京城里铺天盖地，一场灾难向李士英袭来。在一次造反派策划的“批判大叛徒李士英”万人批斗大会上，原省、市公安政法领导干部都被揪到会场上陪斗，当造反派让李士英交代“叛徒罪行”时，李士英理直气壮地说：“没有什么好交代的，解放前我在上海是专门打叛徒的，不是什么大叛徒！”造反派一时哑口无言。当开始批判“江苏公检法资产阶级反动路线”时，李士英大声对造反派说：“政法部门是我分管的，有什么错误，不要找他们，一切由我负责。”因而遭到更加残酷的批斗。
在李士英被造反派揪斗的同时，他的家人也受到株连。王云因不肯揭发省委和李士英的“罪行”，被视为“死不悔改的走资派、黑帮”，遭到造反派残酷批斗殴打，后被监禁在“五七”干校“隔离审查”。孩子们成了“黑五类”，有的进了“学习班”，被要求“揭发父母罪行、划清界线”，跟着就是接受“再教育”，几个在南京的孩子全都被扫地出门，到农村插队落户。
（二）六年“监护”
1968年3月，中央文革小组将曾担任上海市首任公安局长的李士英，列为“搜集江青同志黑材料的所谓‘反革命黑调查案’’’的重点对象，与原省公安厅厅长洪沛霖一起，被中央“二办专案组”（后为“三办”）用飞机秘密押往北京，进行所谓“专案审查”。
自1968年3月李士英被押解到北京后，就被“监护”在原北京市交通干校内，这里专门用来关押“专案要犯”，由北京卫戍区部队看管。李士英被多次提审，审讯的问题涉及面很大，时间跨度也很长。在长达六年的“监护”期间，李士英遭受了非人的折磨，因长期身陷囹圄，营养不良，李士英坐国民党监牢时留下的的腿伤和肝病复发，但却得不到应有治疗。李士英回忆：“被关押期间的伙食很差，缺油少盐。管理人员态度十分粗暴，我们对待国民党战俘也不是这个样子。”为防止被关押人员相互接触，被“监护”人员都是单独关押，连放风、上厕所也都是轮流错开。尽管如此，他仍对党充满信心，坚信党最终会实事求地为自己做出正确的结论。
1971年9月13日“林彪事件”后，政治气氛有所松动，开始逐步允许家属探视被“监护”人员。1973年，王云从“五七”干校被释放回家，她给周恩来写了一封信，请求探视李士英。经批准同意后，王云携儿女进京探望了仍处于“监护”中的李士英。在北京探视期间，她住在自己在全国妇联工作时的老上级曾宪植家。王云还将李士英的老母亲从河南老家接到北京，探视了李士英，了却了母亲的担心。
1974年夏，经周恩来批示，李士英被解除“监护”，回到南京，并被安置在省人民医院治病，但由于“四人帮”在江苏的影响，他仍处在被“隔离”的状态。
1976年10月，党中央一举粉碎“四人帮”后，开始拨乱反正，落实党的干部路线，大量冤假错案得到纠正和平反，强加在李士英身上的种种诬陷不实之词才被全部推倒。
1978年12月党的十一届三中全会后，经党中央批准，李士英再次被任命为最高人民检察院副检察长、党组成员，并担任了中央纪律检查委员会常委。1977年，王云也调到北京全国妇联工作，并担任了全国妇联党组书记处书记、中直机关党委常委。
1978年10月中央专案小组关于李士英的复查结论
