（一）深入基层调查研究
1960年12月，李士英离开最高人民检察院，调江苏省工作。他先后担任江苏省人民委员会副省长、省委书记处书记，主要负责全省的政法工作。王云调到江苏省监察委员会任专职委员。李士英来江苏工作，正逢三年自然灾害时期，全国经济十分困难，江苏也不例外。在这种困难的经济形势下，出现了很多社会治安问题。他受省委第一书记江渭清委托，首先与安徽省交涉处理两省划界存在的纠纷，经与延安时期老战友、时任安徽省委第一书记的曾希圣协商，顺利划定了两省边界，使老百姓能安心生产和生活。
同年，李士英到溧水、溧阳、宜兴三县调研农村治安情况。针对当地干部反映农村普遍存在“小偷小摸”情况，李士英指出：这种情况不能不管，但管不等于就是惩罚，对“小偷小摸”要做具体分析。在正常情况下，许多“乱”和“小”的问题，可能已构成盗窃犯罪，但鉴于目前全省粮食减产、群众口粮安排太低，出现这种情况，还是以说服教育为主，关键是安排好群众的生产、生活，从根本上解决问题，片面强调惩罚必将引起矛盾激化。他的这一意见被省委采纳，并据此作为制定困难时期社会治安管理政策的依据。
对因人民内部矛盾引发的群众集体上访请愿事件的处置问题上，李士英历来主张不能操之过急，不能简单化地采用捕人和其他压制措施。他强调，首先要弄清楚请愿闹事的原因，妥善处理群众要求，在平息事态和教育群众提高觉悟的基础上，依法处理煽动闹事、乘机破坏的犯罪分子。他还提出：各级政府要把工作做在前面，及时抓住事件发生的苗头，将问题解决在萌芽中。事实上，在实践中早有教训，凡是忽视群众要求，过早地抓人、捕人，往往事与愿违，导致事态的进一步扩大。
（二）主持省人民委员会工作
1963年，在省长惠裕宇因病休养期间，李士英主持了省人民委员会全面工作。李士英对身边工作人员说：“我长期在保卫部门工作，对工农业生产了解甚少，要做好工作，必须多下去调查研究。”尽管工作繁忙，李士英仍然安排时间到基层调研，了解社会情况和群众生产生活情况。过程中，他既看好的，也看差的，既听干部汇报，也走访群众，力求把情况了解得深一些，问题摸得准一些，使解决问题的办法更切合实际。
当时南京长江大桥的建设遇到了困难，工程出现地质障碍和人员损伤，李士英亲自登上在建桥墩，不顾危险下到墩底了解建设情况，慰问工地工人，帮助建桥指挥部克服困难，使大桥建设顺利进行。
李士英先后对全省工农业生产、财政金融、商贸流通、社会治安、生产救灾等问题进行了广泛和深入的调查，掌握了不少第一手资料，为省委、省政府决策提供了依据，调查报告有不少被省委批转给各地推广、执行，取得了较好效果。当时正值三年经济困难时期，农民以物换粮在当时粮食统购统销政策下是不允许的，李士英通过调查提出允许灾区群众以物换粮的意见，“灾民外出以物换粮、换菜，互相调剂，等价交换，自愿两利，有利于互助互济，团结度荒，应当允许，并应尽可能给予帮助、照顾。对那些大量从事贩卖粮食、投机倒把的，应该给予必要限制和处理。这样对解决部分农民口粮不足，活跃农村集贸市场，改善农村社会治安都有好处。”他建议省委放宽政策，允许农民以物换粮，省委采纳了他的意见，下达了有关粮食等物资流动的政策文件，受到了群众的欢迎。
1963年5月下旬，江苏省徐州、淮阴等地区下了60年不遇的大暴雨，苏北大片地区洪水泛滥成灾。面对严重自然灾害，李士英万分焦急，立即抽调农业、水利、粮食、民政等部门的负责人员组成工作组，并亲自带队，风雨兼程，赶赴苏北灾区。在灾区蹲点的20多天时间里，工作组先后走访了十几个县和生产队，实地了解灾情。李士英踏着泥泞不平的乡间小路，深入到农舍、田头，与老农促膝谈心，嘘寒问暖，体察群众的疾苦，倾听群众的呼声，勉励灾民增强战胜困难的信心，“不等不靠”，积极开展生产自救。
在这次受灾最严重的淮阴地区，当时省委正在部署全省农村社会主义教育运动试点，县、社、队的主要干部都被抽到点上搞“四清”，忽视了组织群众抗灾和夏收夏种生产自救工作。李士英发现这个情况后，立即和地委研究，要求把县、社、队主要力量投入到抗灾自救工作中，他亲自在地委召开的电话会议上做了救灾动员报告。回到省里，他立即组织工作组人员写出徐、淮地区灾情报告和救灾措施，为省委、省政府救灾和生产自救提供了决定依据。多年后，当他的小女儿在苏北插队时，当地乡村干部还记得李士英趟着大水来视察灾情的情形。
李士英的儿女至今还记得，在那个时期，每逢周日他有空，就会带着孩子们到附近的菜场、商店去转转看看，看柜台上有哪些商品卖，看群众的购买情况，他还与营业员交谈，了解商品的价格。
1961年，党中央开始对前几年在“左”的思潮影响下处理的一些错误案件进行平反。李士英根据中央和省委指示，力排非议，坚持原则，给基层同志撑腰壮胆。他在1961年全省政法工作会议讲话中指出：“平反工作决心要大，步子要稳，要实事求是地加以甄别，不要一概而定，对就是对，错就是错。”在他的指示下，全省各级政法干部统一认识，对以前历次整风、反右运动中错误逮捕的案件，实事求是地给予甄别和平反（或纠错）。
李士英在分管江苏政法工作期间，十分注意全省公、检、法机关的相互团结和协作。在一些会议上，他经常从法律、司法层面，阐述公检法机关相互团结、相互协作，共同对敌及相互支持、相互制约的重要意义，对少数比职务大小、争地位高低，有碍团结的干部，他进行个别帮助，促其觉悟，对屡教不改的则在会上公开点名批评。他特别强调，在工作问题的处理上，不要怕暴露矛盾，他认为工作中有不同意见很正常，要允许相互争论，通过争论才能把案件办得更好，但是同志之间不要随便“扣帽子”，说这个“左”了，那个“右”了，把正常的工作矛盾，弄成人整人的庸俗的关系。李士英的肺腑之言，给江苏广大政法干部留下深刻的印象。
李士英满怀着对革命烈士的缅怀之情，负责淮海战役烈士纪念塔的修建工作，担任建塔委员会主任。1965年11月6日是淮海战役17周年纪念日，在徐州凤凰山山麓举行了隆重的“淮海战役烈士纪念塔落成典礼”。来自各行各界的6000多名干部群众参加了典礼。毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德、陈云、邓小平、刘伯承、陈毅等党和国家、军队领导人题词，国防部、内务部、总参谋部、总政治部和南京、济南、武汉三个军区司令部和政治部，苏、鲁、豫、皖四省省委和省人委，徐州地、市委等敬献花圈。李士英代表建塔委员会致词，深切缅怀淮海战役中牺牲的革命烈士。
