（一）走马上任
1949年9月21日，中国人民政治协商会议在北平召开，会议决定成立最高人民检察署。10月1日，中央人民政府任命罗荣桓为最高人民检察署检察长。新中国成立后，新建立的各级检察机关积极投入到镇压反革命、“三反”、“五反”等重大政治运动中去，为巩固新生的人民民主政权发挥了应有的作用。1954年宪法确立了，人民检察机关的宪法地位，人民检察署后改称人民检察院。1949年10月，李士英作为最高人民检察署检察委员会委员，参加了中央人民政府最高人民检察署成立会议，并于1955年8月至1960年12月和1978年6月至1983年8月两度担任最高人民检察院副检察长、党组成员。
1955年8月，李士英调最高人民检察院担任副检察长、党组成员，负责刑事侦查和劳改审判厅业务。为尽快熟悉工作，他经常与有关干部一起研讨案件，制定工作计划。他多次带领有关人员深入基层进行调研，在充分调研和广泛听取意见的基础上，制定工作规程，努力推进全国检察机关侦查和劳改审判业务工作规范化、制度化。
1956年7月，李士英在全国检察侦查工作会议上作总结报告，对检察侦查工作的重要性作了深刻阐述。他认为：检察侦查工作是检察业务最基本的基础工作，是检察工作一个重要组成部分。为了保卫社会主义建设，保护人民民主权利，发挥检察机关同一切违反宪法和法律的犯罪行为做斗争的应有作用，必须加强和健全检察机关侦查工作。按照侦查和审判分工原则，把需要由检察机关侦办的案件全部担负起来，这是当前检察工作的一项重要任务。随着社会主义改造事业和镇压反革命斗争取得决定性胜利，目前迫切需要健全各级检察机构和制度，各级人民检察院要切实担负起案件的侦查和起诉任务，充分保护人民民主权利。
对如何开展检察院的侦查工作，李士英认为必须深入实际，通过认真调研，明确检察侦查方向和步骤。他要求侦查干部树立依靠群众、大兴调查研究的工作作风，克服检察侦查工作中的神秘主义和孤立办案倾向。在搜集材料时，要注意同时收集正、反两方面材料和证据，研究与犯罪有关的一切细节。在分析判断案情时，应把有罪与无罪的可能性同时加以分析，切忌主观臆断。李士英曾告诫办案人员：“办案一定要坚持法律面前人人平等，要坚持党的实事求是路线，做到既不要放过一个坏人，也不冤枉一个好人，要把案子办成铁案，经得起历史检验。”
在高检院侦查、审判部门的指导下，各级检察机关相继侦办了一批有影响的案件：如天津市检察机关办理的重大玩忽职守案“天津港西河号挖泥船沉没案”、“天津近代化工厂硝化棉爆炸案”、“北京《地理知识》杂志社泄密案”等。这些案件的办理，李士英从立案侦查到起诉审判都给予了密切的关注和指导。30多年后，“北京《地理知识》杂志社泄密案”的当事人王某向人民法院提出申诉，要求给予平反。法院在受理此案后，进行复查，最终确认王某犯罪事实清楚，证据确凿，驳回上诉，维持原判。李士英后来听说此事，深有感慨地说：“我们办理每一个案件，证据都要扎实，要经得起历史检验，绝不能做一点夹生饭，否则就会成为历史的罪人。”
1955年秋，王云也调到北京全国妇联工作，担任全国妇联办公厅副主任。1958年调中共中央办公厅工作，任群众工作组的研究员。
（二）坚持原则
李士英在检察工作实践中，一贯主张检察机关独立履行对司法的监督职能，即使在“左”倾思潮泛滥的情况下，也毫不动摇。1958年，很多地方都采取了公、检、法联合办公形式，正常的独立监督办案秩序被打乱，出现了一些冤假错案。对此，李士英坚决反对。1959年6月，他在苏州的一次检察干部会议上强调：要提高办案质量，坚持依法办案，办案需要公、检、法部门相互配合，但必须坚持相互制约的原则，否则检察监督只是流于形式。他认为：合署办公、联合办案是“大跃进”中的“副产品”，它削弱了法律监督职能，严重影响了办案质量。他还在人民公社化后检察机关组织形式问题讨论会上说：“没有检察机关的基层组织，各地情况就抓不上来，工作就很难开展。”
大跃进开始后，个别地方提出到1960年实现“二十无”的口号，即：无反革命破坏、无地主富农反攻倒算等。李士英认为，在大跃进中，群众提出这样的口号是可以理解的，但它不切实际，也不能实现，这些口号内容还同中央指示精神相违背，容易引起群众思想混乱。因此，他坚决抵制推广“二十无”等“左”的口号和做法。
1959年6月，李士英在南京参加了全国公安、检察、司法南片工作会议，再次强调了检察工作的重要性。他说：全国政法会议肯定了检察制度和检察机关在加强对敌斗争、贯彻法制、保卫社会主义建设中的必要性和作用，澄清了一些干部认为检察制度“可有可无”、“迟撤销不如早撤销”的糊涂思想，希望同志们鼓起干劲，增强做好检察工作的信心和决心。
1959年8月“反右倾”斗争开始后，“左”的思潮再次弥漫中央机关。1959年底，李士英由于在工作中坚持实事求是，坚决抵制“左”的错误言行，在运动中受到了错误批判。但李士英坚持认为，他的意见和言行是符合实际情况的，也符合组织原则，严正拒绝了对他的指责，并坚持向中央有关领导申诉了自己的意见。
